Para que un formulario se envíe cuando el visitante oprima la tecla ENTER, coloca esta línea en el evento Load de tu página:
VB.NET:
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BusquedaTextBox.Attributes.Add("onKeyPress", "javascript:if (event.keyCode == 13) __doPostBack('" & BusquedaBoton.UniqueID & "','')")
En mi ejemplo, BusquedaTextBox es una caja de texto y BusquedaBoton es un LinkButton.
Incluso yo tengo un buscador en un MasterPage y otro buscador distinto en una página heredada de él. Puse el código tanto en el MasterPage como en la página, y ambos funcionan bien.